أعلن أيمن الظواهري الرجل الثاني في تنظيم القاعدة أن زعيم القاعدة اسامة بن لادن طلب منه تذكير "المجاهدين" بأن يتفادوا الهجمات على أهداف مدنية.

وقال الظواهري في تسجيل صوتي نشر على بعض مواقع الإنترنت: "هناك بعض العمليات التي تنسب الى المجاهدين حقا او زورا التي يتم فيها الاعتداء على المسلمين في مساجدهم او اسواقهم او تجمعاتهم ...اقول بغض النظر عن صحة او زيف نسبة العمليات للمجاهدين فاني واخواني في جماعة قاعدة الجهاد نبرأ الى الله من هذه العمليات ونستنكرها سواء كانت من ارتكبها المجاهدون او غيرهم."

واضاف الظواهري  " أنصح كل مجاهد ان يراعي احكام الشريعة ومصلحة المسلمين قبل الشروع في اي عملية جهادية ...وان يحرص كل الحرص في تخطيطه لاي عملية ان يتجنب اصابة من لا يحل اصابته سواء كان مسلما او غير مسلم الا ما وقع خطأ رغما عنه."

وتابع في رسالته المعنونة (رسالة الامل والبشر): ان حادث التفجير الذي وقع في كنيسة القديسين بالاسكندرية بمصر في بداية العام الجديد كان سببه "تجاوزات الكنيسة القبطية الارثوذكسية وتغولها وتحولها لحكومة داخل الحكومة او ان شئت التدقيق حكومة فوق الحكومة."

من جهة أخرى, دعا الظواهري في شريط فيديو نشر حديثا الى تنفيذ هجمات جديدة ضد الغرب، وقال "اذا كنا غير قادرين على انتاج اسلحة مناسبة لاسلحة الصليبيين الغربيين، بامكننا ان نجهض انظمتهم الاقتصادية والصناعية والقضاء على قوتهم التي تقاتل بدون قضية وحتى فرارهم".

واضاف "يجب ان يبتدع المجاهدون في سبيل الله طرقا جديدة (للقتال) وطرقا لم تخطر ابدا على بال الغربيين".

وتابع: ان "اللجوء الى طائرات لتحويلها الى اسلحة قوية كما حصل خلال الغزوات المباركة في نيويورك وواشنطن وبنسلفانيا، هو مثال لهذا التفكير الشجاع" في اشارة الى هجمات 11 سبتمبر 2001.